Порядок книг у Біблії, як одній цілісній книзі, не міг бути сформованим доти, доки Біблія не набула тієї зовнішньої форми, в якій ми сьогодні її знаємо, доки її не почали переписувати на аркушах, які потім зшивали в книгу. Однак тоді, коли євреї збирали та визначали свої авторитетні книги, стандартним форматом цих книг був сувій (згорток). На один такий величезний сувій могла вміститись не більш ніж одна з цих «біблійних» книг. Рукописи Нового Заповіту, які дійшли до нас, включно з найдавнішими копіями виконаними на аркушах папірусу, були у формі «кодексів» (за винятком кількох рукописів) – еквівалент сучасного книжкового формату. Втім жоден з цих «папірусів» не містив усього Нового Заповіту. Найдавніший рукопис, який цілковито зберігся до наших днів і містить всі книги Біблії в одному томі, датується лише IV ст. Він був виконаний на пергаменті (цей матеріял виготовляли зі шкіри тварин). Папір почали використовувати в IX ст., а в загальний вжиток він увійшов у ХІІ-ХІІІ ст.
Усі копії книг виготовляли вручну аж до винайдення друкарства в XV ст. Люди, які займались переписуванням книг, називались «переписувачами». Саме вони, переважно монахи, зберегли Біблію «живою» впродовж перших століть християнства. Проте переписування книг вручну було повільною і дорогою справою. Кожен рукопис містив ряд притаманних йому помилок. Окрім цього, число копій було обмежене. З появою друкованих видань зменшилась вартість Біблії, і вона стала доступною для ширших верств.
Найстаріші тексти єврейських рукописів Старого Заповіту містять лише приголосні літери, а голосних не мають. Найдавніші грецькі рукописи Нового Заповіту, хоча і містять голосні, однак не мають візуального поділу на слова, ані пунктуаційних знаків. Досить поширеним було явище скорочення святих імен. У грецькій мові ім’я «Ісус» скорочували з шести літер до двох (першої й останньої) – ІС – або трьох (першої, другої і останньої) – ІНС.
Копіювання книг відбувалось візуально або під диктовку. В обох випадках траплялись помилки. В Об. 1:5 lusanti (означає «звільнив») до XIX ст. хибно сприймали як lousanti (означає «омив»). Такий переклад зустрічаємо в Святому Письмі о. Івана Хоменка: «… від Ісуса Христа, … що … обмив нас від гріхів наших кров’ю своєю», – замість: «… від Ісуса Христа, … що … звільнив нас від наших гріхів своєю кров’ю» (Переклад Українського біблійного товариства).
Не усі зміни, які переписувачі привносили в біблійний текст, були несвідомими. Окремі зміни були цілеспрямованим переформулюванням тексту, щоб зменшити можливість появи різних неправильних уявлень про Бога. Єврейський текст 2Сам. 12:14, на який спирається англомовний переклад Біблії King James Version, згадує про «ворогів Господа», яким Давид своїм учинком дав нагоду зневажати Бога. Слово «вороги» було додане до слова «Господь», щоб уникнути версії тексту, яка міститься в багатьох сучасних англомовних і україномовних перекладах: «…ти таким учинком тяжко образив Господа» (2Сам. 12:14). Таке висловлювання в той час вважали за богохульне.
Нові значущі відкриття рукописів у ХІХ-ХХ ст. наблизили нас ще на кілька кроків до первісного вигляду біблійного тексту як Старого Заповіту, так і Нового Заповіту. Відкриття сувоїв Мертвого моря (свою назву вони отримали від того, що були знайдені в печері на узбережжі Мертвого моря, де перебувала колись Кумранська спільнота), яке розпочалось у 1947 p., спричинило сотні змін у різних висловах сучасних перекладів Біблії. Ці сувої були написані в період між ІІІ-ІІ стт. до Р. Хр. і І ст. по Р. Хр. Найбільше змін припадає на Книгу Ісаї. Також низка змін стосуються Книги Буття, Книги Виходу, Книги Второзакония, 2-ої Книги Самуїла, Книги Псалмів, Книги Проповідника, Книги Єремії, Книги Даниїла і Книги Авакума. Наприклад, в Іс. 21:8а тепер ми читаємо: «І закричав вартівник» (переклад о. Івана Хоменка), – замість: «І він крикнув, як лев» (переклад Іларіона Огієнка).
Серед найважливіших рукописів Нового Заповіту, які вийшли друком у XIX ст., можемо виокремити Сінайський кодекс і Ватиканський кодекс (обидва рукописи були написані на пергаменті в IV ст.), а також Папірус 66 і Папірус 75 (були написані щонайменше століттям раніше, а свою назву отримали від того, що були написані на папірусних аркушах). Уривки Ів. 5:3-4 (розповідь про ангела, що сходив у купіль) і Ів. 7:53-8:11 (розповідь про жінку, спійману на перелюбі) відсутні в цих чотирьох рукописах. Ів. 5:3-4 відсутній також у Вульгаті Єроніма, а Ів. 7:53-8:11 – в найстаріших сирійських і коптських редакціях. Деякі рукописи старої латинської редакції теж не містять Ів. 7:53-8:11. У багатьох рукописах, які містять ці уривки, поруч з ними на полях стоїть позначка. Вона свідчить, що переписувач мав сумніви щодо походження цих уривків. Цей факт, як також відмінності, які існують між словником і стилем цих уривків та рештою тексту Євангелія від Івана, спонукали більшість дослідників до висновку, що первісно ці розповіді не були частиною цієї новозавітної книги. Втім деякі науковці вважають, що ці уривки містять у собі правдиві, незалежні традиції. Оскільки Єронім включив до Вульгати розповідь про жінку, спійману на перелюбі, Католицька Церква приймає її як частину («канонічної») Біблії. Натомість розповідь про ангела, що порушував воду не вважається за канонічну, бо вона відсутня у Вульгаті Єроніма, хоча міститься в (пізнішій) Сиксто-Климентинській Вульгаті (1592-1598 рр.).
Крім того, реконструюючи первісні тексти, ми спираємось не лише на давні рукописи Старого Заповіту єврейською й арамейською мовою та Нового Заповіту грецькою мовою, але також на редакції (переклади) Старого Заповіту грецькою, арамейською, сирійською і латинською мовами, а у випадку Нового Заповіту – на редакції сирійською, латинською і коптською мовами. Додаткове джерело для реконструкцій текстів становлять цитати із творів рабинів, Отців Церкви і рукописи лекціонарів, в яких біблійні тексти поділені на окремі розповіді, розташовані згідно з порядком літургійного вжитку.
Користь від такого використання різних редакцій тексту можемо спостерегти на прикладі вірша Ос. 11:3, у випадку якого сирійська і латинська редакції, а також до певної міри грецька, свідчать на користь варіянту «на руках моїх» (переклад Біблії Пантелеймона Куліша), на противагу варіянту «їх за руки» (переклад о. Івана Хоменка), або «його руки», який присутній у традиційному єврейському тексті цього вірша.
У первісних рукописах не було поділу на глави і вірші, як у сучасних перекладах Біблії. Поділ на глави, яким ми сьогодні користуємось, запровадив у XIII ст. Стефан Ленгтон, майбутній Кентерберійський єпископ. Основну нумерацію віршів Старого Заповіту в XVI ст. розробив домініканець Санктес Пагінус. Нумерація новозавітних віршів є плодом праці друкаря Роберта Стефануса (французькою мовою – Роберт Етьєн), який запровадив її в своєму четвертому виданні Нового Заповіту грецькою мовою в 1551 р. Першою англомовною Біблією, що містила поділ на вірші, була Женевська Біблія (NT, 1557; Bible, 1560).
Варто зазначити, що номери окремих глав єврейської, католицької і протестантської Біблій різняться між собою. Відмінності також існують між главами деяких англомовних видань Біблії, зокрема це стосується Старого Заповіту. Така ж сама ситуація й з виданнями іншими мовами. Інколи різні редакції Біблії можуть мати відмінності й у нумерації віршів. Деколи розбіжність може одночасно стосуватись і глави, і вірша біблійної книги. Такі випадки часто трапляються з Книгою Псалмів. Наприклад, вірш Пс. 53:3 Біблії Кнокса і французької Біблії Маредсу відповідає Пс. 54:3 в усіх англомовних і франкомовних виданнях єврейської Біблії, в усіх франкомовних виданнях католицької Біблії (за винятком видання Маредсу) і протестантської Біблії, у деяких англомовних виданнях як, наприклад, The New American Bible. Пс. 54:3 відповідає також віршу Пс. 54:1 в усіх інших виданнях католицької Біблії як, наприклад, New Jerusalem Bible і в усіх англомовних виданнях протестантської Біблії. Причина таких розбіжностей у нумерації псалмів полягає в тому, що Пс. 9 і Пс. 10 єврейської Біблії становлять один псалом у грецькій Септуагінті, а також у латинській Вульгаті, яка є пов’язана із Септуагінтою (і в усіх перекладах, які були зроблені на основі тексту Вульгати). Вищесказане стосується теж Пс. 114 і Пс. 115. Натомість грецькі та латинські переклади Біблії поділили на дві частини Пс. 116 і Пс. 147. Отож, хоча і в єврейській Біблії, і у Вульгаті є 150 псалмів, їхня нумерація від Пс. 9-10 до Пс. 147 різниться між собою. Причина розбіжностей у нумерації віршів Книги Псалмів полягає в тому, що в деяких редакціях Біблії вступний матеріял є пронумерований, а в деяких ні.
