Між тим, спеціально створена асоціація «Справедливість Паулю Грюнінгеру!» упродовж багатьох років марно домагалася його реабілітації. У 1995 році асоціація провела зустріч, на яку приїхали врятовані Грюнінгером люди з Австрії, Франції, Ізраїлю та інших країн, зокрема відомі юристи, журналісти і письменники. Переповнена зала вимагала скасування вироку тепер уже не самому Паулю Грюнінгеру, але його пам’яті.
У 1995 році, через п’ятдесят років після закінчення війни і двадцять три роки після смерті Пауля Грюнінгера, було ухвалено відновлення судового процесу. Слухання проходили в тому ж залі суду, де Паулю оголошували вирок у 1940-му: свідчили знайдені свідки, яких Грюнінгер врятував від смерті в концтаборах. Відновити справедливість у результаті допоміг тільки той факт, що на момент оголошення вироку Паулю швейцарські судді вже знали, що депортація євреїв загрожує для них смертю.
Але лише в наступному, 1996 році, Швейцарія знайшла в собі мужність визнати свою «помилку» і посмертно повністю реабілітувати капітана поліції, який слухався своєї совісті більше, ніж наказів керівництва.
На його честь названа вулиця, розташована в Пісгат Зееве, – північному районі Єрусалиму. Характерно, що Посол Швейцарії в Ізраїлі відмовився відвідати церемонію перейменування вулиці на честь Пауля Грюнінгера через те, що ця вулиця розташована в районі, приєднаному до Єрусалиму за результатами Шестиденної війни.
Як вже зазначалося, у Швейцарії була створена Асоціація «Справедливість Паулю Грюнінгеру!» для боротьби проти расизму і антисемітизму. Однією з ініціатив цього об’єднання було прохання до муніципалітету Санкт-Галлена про компенсацію Паулю Грюнінгеру збитку за його страждання (коли він був ще живий) і про перейменування міської площі Санкт-Галлена на честь Грюнінгера, що і було зроблено. У Швейцарії також є стадіон його імені, зважаючи на те, що він полюбляв футбол.
Ім’я Пауля Грюнінгера вибите на меморіальній дошці пам’ятника євреям у Вашингтоні – він став першим громадянином Швейцарії, нагородженим урядом США.
